اولین کنفرانس سالانه ذرات بنیادی ششم و هفتم بهمن ماه 1389 در دانشگاه یزد برگزار شد. 175 نفر در این کنفرانس شرکت کردند که از این تعداد 21 نفر دانشجوی کارشناسی، 44 نفر دانشجوی کارشناسی ارشد، 35 نفر دانشجوی دکتری، 35 نفر هیئت علمی و 40 نفر دبیر بودند. 36 دانشگاه و مؤسسه پژوهشی داخلی و 3 دانشگاه خارجی سان پوئل برزیل، گرونیگن هلند، آلماتی قزاقستان نیز در این کنفرانس حاضر بودند. از 142 مقاله دریافتی 30 مقاله به صورت شفاهی و 60 مقاله به صورت پوستر پذیرفته و ارائه شد. همچنین دانشگاه سمنان میزبانی دومین کنفرانس سالانه ذرات بنیادی را در بهمن ماه 1390 عهده‌دار شد.
در کنار برگزاری کنفرانس، جلسه‌ای با حضور تمامی شرکت‌کنندگان برای تشکیل هیئت مؤسس شاخه ذرات بنیادی تشکیل شد. در این جلسه عنوان شاخه ذرات و میدانها برای این شاخه انتخاب شد که این شاخه عناوین و موضوعات پدیده‌شناسی ذرات بنیادی، ذرات بنیادی تجربی، تئوری میدانهای کوانتومی با رویکرد فیزیک ذرات و نظریه ریسمان را در برمی‌گیرد.